Studiował w Konserwatorium Warszawskim, uzyskując dyplomy z teorii muzyki (1934) i kompozycji (1937) w klasach Kazimierza Sikorskiego oraz z fortepianu (1937) w klasie Jerzego Lefelda. Odbył też dwuletnie studia z zakresu polonistyki i roczne - filozofii na Uniwersytecie Warszawskim (1929-31). W latach 1938-39 pogłębiał studia kompozytorskie w Paryżu. Podczas okupacji uczestniczył w tajnym życiu muzycznym. W 1945 założył pismo "Ruch Muzyczny", którego był redaktorem naczelnym do 1948. W latach 1945-49 wykładał przedmioty teoretyczne w Państwowej Wyższej Szkole Muzycznej w Krakowie.
Obok działalności kompozytorskiej uprawiał działalność publicystyczną (m.in. od 1945 pisał felietony w Tygodniku Powszechnym), a także krytykę i publicystykę muzyczną. Jest autorem wielu książek o tematyce muzycznej oraz utworów literackich publikowanych w kraju i za granicą (również pod pseudonimami Teodora Klona i Tomasza Stalińskiego). W latach 1957-65 był posłem na Sejm PRL. W latach 1973-78 odbywał podróże zagraniczne m.in. po Stanach Zjednoczonych, Kanadzie, Francji, Anglii, Włoszech, Skandynawii, gdzie wygłaszał odczyty na tematy związane z kulturą polską.
Był autorem między innymi powieści: "Sprzysiężenie", "Zbrodnia w dzielnicy północnej", "Widziane z góry"; szkiców muzycznych: "Gwiazdozbiór muzyczny"; zbiorów felietonów: "Rzeczy małe", "100 razy głową w ścianę", "Materii pomieszanie"; oraz najsłynniejszych: "Abecadła Kisiela" i "Dzienników". W 1990 r. ustanowił nagrodę swojego imienia (Nagroda Kisiela), która przyznawana jest do dziś (wśród laureatów między innymi: Władysław Bartoszewski, Jerzy Waldorff, Jerzy Giedroyc, ks. Józef Tischner, Lech Wałęsa, Stanisław Tym, Jan Nowak-Jeziorański).
Stefan Kisielewski był laureatem II nagrody na Festiwalu Muzyki Polskiej w 1955 za "Koncert na orkiestrę kameralną" (1949), I nagrody na konkursie na pieśń Mickiewiczowską w 1955 za "Bakczysaraj w nocy" na głos i fortepian (1955), Nagrody Muzycznej miasta Krakowa w 1956, Nagrody Fundacji Alfreda Jurzykowskiego w Nowym Jorku w 1973, Nagrody im. Andrzeja Struga w Warszawie w 1979, Nagrody Związku Kompozytorów Polskich w 1982, Nagrody Fundacji Schmidheinystiftung w St. Gallen w 1983 za całokształt twórczości oraz prywatnej nagrody publicystycznej im. Adolfa Bocheńskiego w 1988.
Stefan Kisielewski to jedna z najbarwniejszych postaci polskiej sceny muzycznej. Twórczość kompozytorska stanowiła tylko jeden z wielu nurtów jego publicznej aktywności. Zajmował się także pracą literacką, publicystyczną i dziennikarską, był działaczem społecznym i politycznym. We wszystkich dziedzinach zajmował bezkompromisowe stanowisko, narażając się na represje komunistycznych władz, łącznie z pobiciem przez tak zwanych "nieznanych spraców". Usunięty został z Państwowej Wyższej Szkoły Muzycznej w Krakowie, gdzie wykładał przedmioty teoretyczne. Zlikwidowano na pewien czas pismo "Ruch Muzyczny", którego był założycielem i redaktorem naczelnym. Wykluczono go z Sejmu, gdzie był posłem koła katolickiego "Znak". Zakazano mu publikacji feletienów w katolickim "Tygodniku Powszechnym". Swoje książki musiał wydawać pod pseudonimem w podziemnym obiegu. Jednak mimo wszelkich szykan był prawdziwym autorytetem. Na tekstach Stefana Kisielewskiego wychowywali się młodzi dziennikarze i publicyści. Jego głos liczył się w środowisku opozycyjnych ekonomistów i podziemnych działaczy niepodległościowych.
Muzyka Kisielewskiego była na estradach filharmonicznych niemal nieobecna, zarówno ze względów politycznych, jak i z powodu konserwatyzmu neoklasycznej stylistyki, której kompozytor pozostawał wierny w całej swojej twórczości. Kisielewski traktował muzykę jako sztukę autonomiczną, a proces twórczy widział jako wielopłaszczyznową organizację dźwięków. Odrzucał wszelkie treści pozamuzyczne i estetykę romantyczną. Komponował utwory o wyrazistej formie, stosując często klasyczne schematy formalne. Jego język dźwiękowy łączy tradycyjną tonalność z nowoczesną atonalnością.
Charakterystyczny jest duży ładunek humoru i autoironii zawarty w tej muzyce, co odpowiada dobrze osobowości kompozytora - człowieka o błyskotliwej inteligencji i przekornym dowcipie. W ostatnich latach muzyka Kisielewskiego grana jest częściej - coraz wyraźniejszy staje się jej ponadczasowy charakter. Sporym powodzeniem cieszy się zwłaszcza ostatni utwór, ukończony tuż przed śmiercią kompozytora - "Koncert fortepianowy".
